土壤有機質含量降低土壤有機質減少會引發一系列土壤問題，土壤酸化和次生鹽堿化，土壤結構破壞，土壤肥力低下，土傳病害加劇等。
土壤結構破壞、板結嚴重由于土壤缺乏有機肥補充以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加劇了土壤團粒結構的破壞，致使土壤板結越來越嚴重，直接影響到土壤的自然活力和自我調節能力。
土壤趨于酸化土壤酸化主要是由于過量使用化學氮肥和生理酸性肥料，導致土壤中酸性物質增加，使土壤酸化。土壤酸化會引起土壤養分流失，土壤有害重金屬活化，土壤有害微生物特別是寄生真菌增加，加速土壤貧瘠化和土傳病害發生。
土壤次生鹽堿化由于長期過量使用化學肥料，使土壤中的鹽分不斷積累，硝酸鹽積累更甚，形成土壤表層次生鹽堿化。輕則影響種子發芽出苗，阻礙養分吸收，作物生長不良，重則造成生理干旱，營養吸收障礙，土壤結構破壞，再甚者可導致鹽害、死亡。
土壤氮磷鉀元素營養比例失調，中、微量元素嚴重缺乏在日常管理中絕大多數農民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥，致鉀素匱乏，長期不施中微量元素肥料，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷鉀比例失調，大量元素與中微量元素之間的營養比例失調。
農田土壤污染過量使用化肥、農藥、農膜的殘留污染，未經處理的有機肥污染，以及連作和病蟲害病原物污染，一旦超出土壤自凈化能力后就會“溢出”。這會造成土壤生態失衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤生物種群減少，土壤理化生物性質惡化，土壤活性下降、土壤功能變差，失去農業利用價值。
農作物連作造成的“土壤病”在土壤中連續種植一種或同科作物，由于該作物所需要的中微量營養元素因連續被吸收而缺乏，也使相應的某些病菌得以連年繁殖，在土壤中大量積累，還有前茬作物根系的分泌物因累積成為有毒物質而形成病土。
土壤侵蝕耕地土壤侵蝕主要是農民墾殖過度，很多山坡被墾做農田。尤其是坡度大于15度以上的坡地，年復一年的耕作，水土流失極為嚴重。開墾后沒有實施保護性耕作，如坡改梯、水平溝耕作、植物籬保護等，而是隨意挖地耕翻，既造成耕蝕，又加劇了風蝕、水蝕。長期的水土流失，必然導致土壤沙化，保水保肥能力降低。
設施農業土壤綜合障礙病設施栽培是在全年封閉或季節封閉環境下，由于高度集約化、高復種指數、高肥料投入、高農藥用量、高強度高頻度人為干擾，過量施肥、過量灌水、過度耕作與踐踏，土壤長期處于高溫高濕狀態，在如此強烈的干擾和巨大壓力下，土壤健康急劇惡化。一般種植2~3年，就出現了土壤營養失衡、土壤酸化、土壤次生鹽堿化、土壤有害物質積累、土壤微生物種群多樣性和功能退化等一系列土壤病害。
